Музеј је настао као плод идеје најпознатијег Требињца, пјесника и дипломате, Јована Дучића. Основан је 1952. године. Прво археолошко ископавање музеј је обавио 1957. године на цркви Св. Петра у Завали. Прву публикацију, под називом Требиње I, Василија Кораћа, издао је 1966. године. Године 1975. покреће часопис Трибунија. Располаже са око 1.500 м² корисног простора, од чега је око 800 м² изложбени простор. Сталне поставке и легати:
-Дучићева збирка са вриједним умјетничким експонатима (72 експоната камене пластике, 14 умјетничких слика домаћих и иностраних сликара, таписерија, мозаик, јапански вез, одликовања Јована Дучића, његова амбасадорска одора и његови рукописи) ;
– Стална етнолошка поставка Народни живот и култура Срба у источној Херцеговини у другој половини XIX вијека и првој половини XX вијека;
– Стална археолошка поставка са вриједним експонатима од каменог доба до средњег вијека;
– Меморијална изложба слика Атанасије Поповић – 43 умјетничке слике познатог сликара, дар граду Требињу сликаревог брата Уроша Поповића;
– Легат сликарке Милене Шотре – 24 умјетничке слике са мотивима Херцеговине и Путопис по Русији и 15 графика сликаркиног брата, познатог графичара Бранка Шотре;

– Легат академског сликара Милорада Ћоровића – 57 умјетничких слика;
– Легат књижевника и вајара Радована Ждрала – 122 скулптуре израђене од полудрагог камена.
Поред ових сталних поставки и легата, у фундусу Музеја Херцеговине налази се око 400 умјетничких слика, графика, скулптура и других предмета. У склопу Музеја Херцеговине дјелује и депаданс на Ушћу (Ластва), легат Дубравке Кујачић у коме се приређују повремене изложбе, промоције, концерти. Музеј посједује и значајну збирку библиотечке грађе (библиотека са стручним књигама из различитих области науке, културе и умјетности).

Осим сталних поставки и легата, у просторима Музеја Херцеговине одржавају се повремене изложбе, поетски рецитали, промоције књига и музички концерти.