Trebinjska (Trebinjsko-mrkanjska) biskupija je jedna od najstarijih u BiH, a prvi put se pominje u buli pape Benedikta VIII 1022. godine. Izgradnja katedrale Blažene Djevice Marije započeta je 1880. godine, odmah nakon dolaska austro-ugarske vojske, a završena je 1884. godine.
Godine 1984. dotadašnja župna crkva proglašena je Katedralnom crkvom, povodom 1000 godina postojanja trebinjske biskupije i 100 godina postojanja crkve.
Katedrala Blažene Djevice Marije je 2006. godine proglašena i nacionalnim spomenikom BiH.